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种苗工作的总体思路是以现代林业思想和科学发展观为指导，实施分类管理、分区突破战略，坚持科技兴种、依法治种，搞好良种繁育，逐步实现生产区域化、苗木供应基地化、质量标准化、品种多样化，形成种植、营销一体化的市场网络。
1.积极调整育苗结构，培育适生树种
育苗过程中应遵循适地适树原则，按科学规律办事，根据重庆地区不同自然地理、气候条件，适当减少不适合地区气候环境等树种的育苗面积，增大抗旱、速生、经济价值较高树种的育苗面积，如杨树、祁连圆柏和松柏等。同时，完善种苗引种、驯化程序，结合重庆地区实际，引进耐干旱、耐寒冷、耐瘠薄、无病虫种苗，经过苗圃苗期培育，上山造林后逐步成活成材、开花、结果，繁衍后代，最终取代退化树种。
2.加强国有苗圃科技培训，提高育苗技术水平
目前，重庆市林业重点工程及城镇绿化建设相继启动实施，种苗供不应求，迫切需要采用新技术，建立稳定的育苗基地体系。因此，必须抓好国有苗圃建设，发挥其骨干、示范和辐射作用。首先，重点在苗圃领导班子建设、技术人员素质、技术水平和苗圃基础设施建设等方面下功夫；其次，在苗木生产的树种、品种、数量和质量上下功夫，强化以质量求信誉、以质量求市场、以质量求生存的市场竞争意识，不断调整苗木生产结构，培育出名、特、稀、优、新的市场急需的高质量苗木，提高市场竞争力；再次，在苗木生产中，要与造林单位密切配合，制订种苗生产计划，搞好种苗生产与造林计划的衔接，尤其是与工程造林相结合；第四，坚持以科技为先导，实行科学育苗，采用先进的育苗技术，重点抓好容器育苗、大棚育苗、全光喷雾扦插等技术，广泛推广应用GGR生根粉，实行育苗全过程质量管理，层层把关，严格管理，以提高育苗质量；最后，积极做好国有贫困苗圃的解困工作，要尽快制订贫困苗圃脱贫方案，加强管理，积极引导，增强改革开放意识，提高适应和驾驭种苗市场的能力。
3.加强采种基地建设，提高种子利用率
良种繁育基地是人工造林工程的基础和出发点，要在保护和利用现有资源的前提下，建设新的良种繁育基地，主要抓好优良资源的收集、繁殖和推广，提高采种技术，建立健全种子采收、分级、贮藏等管理制度，逐步建立一整套林木结实预测预报体系，引进林木种子采集和调制的机械化研究成果，加大采种基础设施、种子贮藏冷库的建设力度。
4.引导多方参与，实现多种方式的苗木产业化生产
要放手发展非公有制经济，鼓励各种社会主体跨所有制、跨行业、跨地区投资种苗是主要的发展模式。积极鼓励有能力的农户、城镇居民、科技人员、私营企业主、企事业单位和机关团体的干部职工，单独或合伙参与林木种苗的开发和建设。同时，要进一步明确非公有制经济参与林木种苗建设的法律地位，统一税费、资金利用和投资等政策，为各种林业经营主体创造公平竞争的环境。从目前互助县种苗结构状况看，国有、乡村和个体经营成分各占1/3，但从市场经营和投资渠道看，个体育苗更具活力，只要技术服务到位、引导有方，个体育苗可作为农村种苗产业的主体和骨干力量。
